Tegen de achtergrond van het in de jaren '70 door oproeren geteisterde Belfast, vertelt In the Name of the Father het waargebeurde verhaal van Gerry Conlon ( Daniel Day-Lewis ). Tot grote ergernis van zijn vader Guiseppe ( Pete Postlethwaite ) beperkt Gerry's interesse zich tot drank en feesten. Als Gerry in conflict raakt met het verboden Iers republikeinse leger (IRA), stuurt zijn vader hem naar Engeland, waar zjin anti-Engelse gevoelens hem op de verkeerde tijd op de verkeerde plaats brengen. Onschuldig, maar gedwongen schuld te bekennen, wordt hij als een van de Guildford Four voor een bomaanslag veroordeeld tot levenslange gevangenisstraf. Wanneer ook zijn vader gearresteerd en gevangen genomen wordt, ontdekt Gerry dat achter zijn vaders schijnbare kwetsbaarheid een ongeëvenaarde strijdkracht en wijsheid schuil gaat. Samen met een gedreven advocaat ( Emma Thompson ) is Gerry vastbesloten zijn onschuld te bewijzen, zijn vaders naam te zuiveren van alle blaam en een van de meest beschamende juridische dwalingen aller tijden aan de kaak te stellen.