De onverschrokken ontdekkingsreizigers van Disney's succesvolle animatiefilm, Atlantis: De Verzonken Stad, zijn terug. Tijdens de eerste expeditie hadden Milo Thatch en de andere expeditieleden de beroemde verzonken stad gevonden en het mysterieuze koninkrijk en het hele volk gered. Nu bereiden Milo, Kida en hun team zich voor op nog meer actie als ze tot de ontdekking komen dat er mysterieuze krachten aan het werk zijn. De nieuwe zoektocht voert het team vanuit de stoffige woestijnen van het zuidwesten naar de ijzige hoogten van de Scandinavische bergen. Onderweg komen ze tegenover enorme zeemonsters te staan en krijgen ze te maken met bijzondere geesten en krachtige legenden. Halverwege de reis ontdekt Kida de geweldige kracht van de betoverde kristallen uit haar stad en moet ze uiteindelijk beslissen of het verstandiger is om het Hart van Atlantis te verbergen of om het door te geven aan de rest van de wereld. Hou je adem in en bereid je voor om in een wereld vol spanning te duiken met de geheel nieuwe avonturen van Atlantis.