In het vervolg op Sister Act wordt Deloris (Whoopi Goldberg) daar de zusters van St. Chatherine, die haar hielpen om onder te duiken voor de mafia, om hulp gevraagd. De zusters van Deloris hebben hun buurtwerk in het klaslokaal voortgezet, maar zijn volledig verloren doordat een school; vol ouderwetse Jezuïeten en vervelende teenagers de boel saborteren. Bovendien wordt de school met sluiting bedreigd. Deloris wordt gedwongen har oude habijt aan te trekken en gaat weer helemaal los. Haar onorthodoxe manier van lesgeven slaat in eerste instantie niet aan. Op het moment dat zij ermee wil stoppen, ziet zij in haar gebekte leerlingen iets van zichzelf terug en besluit alles op zijn kop te zetten.